El Programa define como Líneas de Acción del mismo, las siguientes:

•  Medicina ancestral: Según la definición de la Organización Mundial de la Salud, la medicina tradicional es la suma total de conocimientos, habilidades y prácticas basados en teorías, creencias y experiencias oriundos de las diferentes culturas, sean o no explicables, y usados en el mantenimiento de la salud, así como en la prevención, diagnosis o tratamiento de las enfermedades físicas o mentales. La Medicina tradicional andina sustenta la salud en el equilibrio cálido/frio y el pensamiento animista del mundo, su metodología parte de explicar el sentido holístico de la vida, los agentes tradicionales de salud asumen su rol como un don divino y basan su intervención en la restitución del equilibrio con rituales y plantas medicinales. La medicina kallawaya surgida en épocas pre-incaicas en los andes que hoy son Bolivia, tiene una de las farmacopeas más ricas del mundo, motivo por el cual la UNESCO declaró la cosmovisión kallawaya como patrimonio cultural de la humanidad en 2003

•  Pedagogía intercultural bilingüe: Según la Ley 26206 Capítulo XI Art. 52, la "Educación Intercultural Bilingüe es la modalidad del sistema educativo de los niveles de Educación Inicial, Primaria y Secundaria que garantiza el derecho constitucional de los pueblos indígenas, conforme al artículo 75 inciso 17 de la Constitución Nacional, a recibir una educación que contribuya a preservar y fortalecer sus pautas culturales, su lengua, su cosmovisión e identidad étnica; a desempeñarse activamente en un mundo multicultural y a mejorar su calidad de vida. Asimismo, la Educación Intercultural Bilingüe promueve un diálogo mutuamente enriquecedor de conocimientos y valores entre los pueblos indígenas y poblaciones étnica, lingüística y culturalmente diferentes, y propicia el reconocimiento y el respeto hacia tales diferencias.".

•  Arte y culturas originarias: El arte indígena es una de las formas esenciales de transmisión de la cultura, así como un medio de importancia crucial para que un grupo humano se identifique a sí mismo y se preserve en el tiempo y frente a otros grupos. La imposición de culturas dominantes a través de la colonización produjo en muchos casos la aculturación de los pueblos indígenas y con ella la transformación radical de sus manifestaciones artísticas; aunque en otros se produjeron verdaderos casos de sincretismo o eclecticismo cultural y artístico. De ambas posibilidades se nutren las formas artísticas del denominado arte colonial en sus distintas variantes locales y temporales.

•  Procesos lingüísticos y culturales: De la misma manera que se intenta preservar la diversidad biológica, la diversidad lingüística, que también es diversidad biológica, merece ser respetada y defendida junto a los derechos humanos. Las lenguas no son solo herramientas de comunicación, también pueden ser un conjunto de conocimientos transmitidos durante muchos años. Las distintas formas de comunicarse posibilitan distintas formas de entender la realidad, como, por ejemplo: distintos métodos de hacer las cuentas, diversas formas de expresar el espacio (mediante palabras o estructuras que expresen la dirección de una forma concreta), diferente organización de los meses o las semanas que puede otorgar conocimientos precisos (por ejemplo, hay lenguas en que los meses tienen el nombre de la fruta que hay que recoger), etc.

•  Espiritualidades y cosmogonías indígenas: El historiador Alfredo López Austin define la cosmovisión como "el conjunto estructurado de los diversos sistemas ideológicos con los que el grupo social, en un momento histórico, pretende aprehender el universo, engloba todos los sistemas, los ordena y los ubica." - La cosmovisión indígena, basada en una percepción religiosa de la naturaleza, coincide con la necesidad de hacer un manejo ecológicamente correcto de los recursos. Con ello, la lucha ecológico-campesina pone juntas de nuevo a través de la práctica política las tres esferas de la realidad que la civilización dominante se ha empeñado siempre en separar: naturaleza, producción y cultura. - Entonces podría entenderse a la cosmovisión indígena como el conjunto de creencias, valores, costumbres, de los pueblos indígenas y su relación con su entorno.