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El 30 de mayo de 1941 se agrega el Profesorado de Pedagogía y Filosofía, por Resolución Rectoral del Dr. Edmundo Correas, que lo conduce a la nueva denominación de Instituto Pedagógico.
La expansión de esta enseñanza entronca con la tradición educacional de San Luis, cuyos docentes de nivel primario y secundario habían ejercido la profesión por todo el país. La tercera etapa de su historia comienza el 29 de noviembre de 1945, cuando la Asamblea Universitaria otorga a dicho instituto la categoría de Facultad, y por Decreto del 31 de diciembre de 1946 del Poder Ejecutivo Nacional se la designa con el nombre de Facultad de Ciencias de la Educación. Los anteriores planes y programas sufren modificaciones y se la autoriza a otorgar los grados académicos de Doctor en todos sus estudios.
En 1951 se crea en San Luis la Escuela de Farmacia y posteriormente se completa con Bioquímica. En 1953 se inaugura el nuevo edificio de esta casa de estudio, en la esquina de Chacabuco y Pedernera de la ciudad de San Luis. En 1954 se establece la uniformidad de todas las universidades existentes en el país adecuándose la Facultad local a esta disposición.En 1958 se reorganiza completamente la Facultad y se le asigna el nuevo nombre de Facultad de Ciencias, que comprende tres Escuelas: Matemáticas y Física; Química, Bioquímica y Farmacia y Pedagogía y Psicología. Denominación que se mantuvo hasta 1970 fecha en que surgen la Facultad de Ciencias Físico-Matemáticas y la Facultad de Pedagogía y Psicología.
La Universidad Nacional de San Luis se funda el 10 de mayo de 1973 por Decreto Ley 20.365 del Poder Ejecutivo Nacional. Queda por lo tanto determinado que la flamante Universidad emerge sobre las Facultades existentes y la Escuela Normal Juan Pascual Pringles. Se agrega además el Complejo Universitario Villa Mercedes.
El primer Rector de la UNSL fue el profesor Mauricio Amilcar López, quien se había desempeñado anteriormente como Secretario Académico de la Facultad de Pedagogía y Psicología, de relevante trayectoria académica y actuación en ámbito nacional e internacional, de la que se destaca la Presidencia del Consejo Mundial de Iglesias. En 1977 Mauricio López fue secuestrado por por la Dictadura Militar y es uno de los desaparecidos de este proceso.
En su memoria, en el año 1992, se dispuso la colocación de un busto en el ingreso del Edificio Rectorado y se impuso su nombre al Auditorio de la Universidad -el más importante de la provincia de San Luis- . Además se creó el Premio "Rector Mauricio A. López", que se entrega anualmente a la persona o institución que se haya destacado en la defensa y promoción de los Derechos Humanos en el ámbito provincial o nacional.
En 1986, ya normalizados sus claustros, se reunió por primera vez la Asamblea Universitaria para elegir nuevas autoridades. La historia de la UNSL tuvo un nuevo giro cuando la Asamblea Universitaria reformó el estatuto universitario, modificando el tipo de elección de autoridades.
Por primera vez, en el año 2001, se puso en funcionamiento el sistema directo para elegir rector, decanos, directores departamentales y otros cargos.
Actualmente la UNSL está conformada por ocho Facultades: